PCR an LIMS anbinden mit Plattenbelegung


Wie Sie gängige PCR-Geräte von Bio-Rad oder Thermo Fischer an Ihr LIMS anbinden um Ergebnisse automatisch einzulesen, ohne dabei mühsam Probenummern in die oft umständliche PCR-Software zu übertragen.
Alle Hersteller gängiger PCRs wie Bio-Rad oder Thermo Fischer bringen von Haus aus Möglichkeiten mit, Analyseergebnisse an das Labordatenbank LIMS zu übertragen. Dazu stellen sie sogenannte LIMS-Export Dateien zur Verfügung, mit denen Sie die Ergebnisse in die Labordatenbank direkt einlesen können. In der Labordatenbank werden diese Daten dann automatisch eingelesen und können befundet und in einem individuellen Testzertifikat ausgegeben werden.

Für die eindeutige Zuordnung der Ergebnisse zu den analysierten Proben sehen die Hersteller vor, zunächst die Probenummer jeder einzelnen Probe in der PCR-Steuerungssoftware (z.B. Bio-Rad CFX Maestro oder Thermo Fischer Applied Biosystem) einzutragen.

Das Hinterlegen einer größeren Anzahl an Probenummern (z.B. für 96er oder 384er Platten) in der Gerätesoftware ist in der Praxis oft wenig praktikabel.
Oft genannte Gründe sind beispielsweise:
  • Das Einscannen von Probenummern in der Gerätesoftware ist zeitintensiv und nicht intuitiv
  • Es werden andere Nummern als die Probenummer verwendet, z.B. Barcodes von vorbeschrifteten Röhrchen
  • Bestückungspraktiken für Kontrollproben oder Priorisierungen erfordern eine grafische Darstellung
  • Das nachträgliche Eintragen der Probenummern entspricht nicht dem Laborablauf, da Position auf der Platte bereits nach dem Pipettieren festgelegt wird und bei einer Übertragung im Nachhinein jedes Röhrchen erneut angefasst werden müsste um die Probenummer zu erkennen
  • Proben werden nach der Belegung einer 96er Platte gegebenenfalls auch noch auf eine andere Platte umpositioniert, um z.B. 384 Proben in einem Lauf zu erfassen. Dabei ginge würde ursprüngliche Positionierung verloren gehen
  • Der PCR-Arbeitsplatz ist für die Zeit der Bestückung blockiert und kann nicht verwendet werden

Aus diesem Grund erfolgt verwenden zahlreiche Labordatenbank-Nutzer das Modul Plattenverwaltung, mit dem eine einfachere und praktikablere Zuordnung der Messdaten zu den Proben erfolgt, ohne dabei mühsam die Probenummer in die PCR-Software zu übertragen.

Dazu werden die Proben in der Labordatenbank gescannt und per Drag & Drop auf einer Platte positioniert. Die Labordatenbank speichert Plattennummer und Position als Positionierungs-Information für jede Probe im Hintergrund. In der PCR-Software muss dann nur noch einmalig die Plattennummer hinterlegt werden. Beim Export an das Labordatenbank LIMS erkennt die Labordatenbank anhand des für diese Platte gespeicherten Belegungsschemas die Position jeder Probe und kann die Ergebnisse den vorhandenen Proben eindeutig zuordnen.

Für die Labore entfällt in diesem Fall das lästige Eintragen der Probenummer in der Gerätesoftware für alle 96 oder 384 Proben und es muss nur einmalig die Plattennummer eingetragen werden.


Im folgenden erhalten Sie eine Schritt-für Schritt-Anleitung, wie Sie Ihre PCR-Messergebnisse mit dem Modul Plattenbelegung eindeutig zuordnen und automatisch einlesen können:

1. Rufen Sie die Plattenverwaltung unter Menüzeile: Proben -> Plattenverwaltung auf



2. Legen Sie eine neue Platte an und geben ihr einen ein Namen, z.B. P12345.
Tipp: In der Regel sind Platten vom Hersteller vorbeschriftet und mit einem Barcode versehen, so dass Sie diesen Barcode auch einfach mit einem Handscanner abscannen können.



Scannen Sie nun Probenummer oder Röhrchen-Barcode ab und positionieren Sie die Probe per Drag & Drop auf Ihrer Platte. Die Labordatenbank sucht die dazugehörige Probe und speichert Platte und Position ab.






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